Oppilaskuntaan kuuluvat kaikki Lyseon oppilaat. Oppilaskunnan hallitus valitaan alkusyksystä.
Turun Lyseon koulun oppilaskunnan hallitus on valittu siten, että jokaiselta luokalta on valittu edustajaksi yksi oppilas. Oppilaskunnan hallitus kokoontuu vähintäin kerran kuukaudessa.
Hallituksessa on edustus kaikilta luokka-asteilta. Tehtävästä kiinnostuneet oppilaat vaivat ottaa yhteyttä ohjaavan opettajaan. Ohjaavina opettajina toimivat Taina Moisio ja Hanna Haltia.